Syynä on todennäköisesti tiedostojen omistus- ja käyttöoikeudet.
Lue: Joomla ja ongelmat tiedostojen/hakemistojen oikeuksien kanssa
Eli FTP:llä siirrettyjä tiedostoja voi muokata vain FTP:llä ja Joomlalla siirrettyjä Joomlalla.
Yksi ratkaisu ongelmiin on eXtplorer, FTP:nkaltainen Joomla-komponentti tiedostojen ja kansioiden hallintaan.